魏氏世居幽、朔，至献帝世有神人言应南迁，于是传位于子圣武帝，命令南徙，山谷阻绝，仍欲止焉。复有神兽，其形似马，其声类牛，先行导引，积年乃出，始居匈奴之故地（《魏书》卷一百一十二下《志》第十八《灵征》八下）。

拓跋珪恢复了鲜卑拓跋氏的部落联盟领导地位以后，开始向南北发展。首先，他带领部族联盟击败了在他北面的高车族，紧接着395年11月，他大破后燕军参合陂（今山西大同东），坑降者4万多人。而后直至398年，28岁的拓跋珪又先后夺取了后燕国的蓟（今北京西南）、并州、中山（今河北定州卢奴县）和邺（今河北临漳县西南邺镇），彻底地击败了位于他南部的后燕，大摇大摆地迁都平城，建国称帝。元代陈栎在他的《历代通略》中这样评价拓跋珪：

拓跋珪志大才雄，复兴祖业，改国号曰“魏”，改元称帝，是为道武帝。乘慕容垂卒，大举伐燕，南取并州，东并幽冀，迁都平城，而数千里之地定矣（《历代通略》卷二）。

399年，拓跋珪伐高车，大破高车三十余部，获七万余口，马三十万匹，牛羊百四十余万头。

道武帝在幼小年龄再起建国，经过十年艰辛，先后吞并了塞北诸部，击走了后燕势力，拥有了幽（今北京城西南）、并、兖（今山东兖州县）、冀（今河北冀县）诸州地盘。这时候，他还年未满三十，正是身强力健、年轻有为之时。但此时，北魏帝国的周边环境依然不很乐观，后燕虽被击败，北燕、南燕又先后重新建国，关中的姚兴，江南的刘裕，朔方的赫连，凉州的沮渠，皆英雄群起，其势汹汹。塞北之柔然高车也时欲乘机，窥其后方。道武帝粗通汉文，但夷性未改，此时的他，已经锐气大减，毫无进取之心。天兴以后，天文屡有变异，地方时有叛乱，他经常啃读占卜之书，心里常怀改王易政之惧。一面下诏戒臣下，告以天命不可妄为，一面变换官名，欲以压制灾异。还专置仙人博士，立仙坊，炼百药，祈求长生不死。以药试罪人辄死，他犹不醒悟，求之不倦。天兴二年（399年），他不仅同一大批汉族官僚发生了矛盾，同他麾下手握重兵的部族首领之间也发生了矛盾，而且是不可调和的矛盾。出于维护帝王权威的需要，他开始加强君权，利用或制造各种借口诛杀将领。第一个被杀的是位高权重的将军李栗，已令朝野震动。403年，他又削了拓跋顺的职。同年，他以“好修虚誉”的罪名处死了将军和跋，并诛灭他的全家。407年，他以“错乱之礼”的罪名，诛杀了战功赫赫的拓跋遵，还捕杀了将军庾岳。素有积怨的莫题，也被拓跋珪嘲弄后灭族。

拓跋珪的行为大大地激化了他与部族之间的矛盾。恐惧、不安和过度的紧张，使他精神严重变态，几近崩溃。他迷信道士，喜食仙丹（寒食散），药性发作，使得他数日不食，达旦不寐，烦躁不安，喜怒无常。他还常常出现幻觉，追记生平成败得失，东辄一个人自言自语不止。每有臣子上前奏事，他便追记其旧恶而杀之。他疑神疑鬼，发现这个人脸色不对，那个人呼吸紧张；这个人走路姿势异常，那个人言语对答失措，皆以为怀恶在心，发露于外，便亲手将其砍死，还把尸体陈列在宫殿前示众。他的行为使满朝文武大臣人心惶惶，对他避之唯恐不及。他成了真正的孤家寡人。

409年，他又诛杀了曾经企图谋杀他、并夺取皇位的它的弟弟拓跋仪。同时还准备将与拓跋仪有牵连的诸王子弟30多人也一并杀掉。这年10月的一天，他又要准备将他的妃子贺氏处死。贺氏秘密告诉他的儿子拓跋绍，要他来救。拓跋绍深夜带领私人卫队，在宦官的带领下翻墙闯入他的卧室，将其乱刀砍死。他死时才39岁。《御批资治通鉴纲目》这样记载这件事：

（魏主珪将立齐王嗣为太子。魏故事，凡立嗣子，辄先杀其母。乃赐嗣母刘贵人死，召嗣谕之。嗣性孝，哀泣不自胜。珪怒。嗣还舍，日夜号泣。珪复召之，左右曰：“上怒甚，入将不测”。嗣乃逃匿于外，惟帐下车路头王洛儿随之。初，珪见贺太后之妺美，请纳之。太后曰：“不可。是过美，必有不善。且已有夫，不可夺也”。珪密令人杀其夫而纳之，生清河王绍。绍凶狠无赖，好轻游里巷，劫剥行人以为乐。珪尝倒悬井中，垂死乃出之。至是，谴责贺夫人，将杀之。未决，夫人密使告绍曰：“何以救我”？绍年十六，夜与宦者宫人通谋，逾垣入宫弑珪，大出步帛赐王公已下。崔宏独不受。嗣闻变，遣洛儿夜入平城，告将军安同等。众翕然响应，争出奉迎。卫士执绍送嗣，嗣并贺氏及为内应者，皆脔食之，乃即位。谥珪曰“宣武”，庙号“烈祖”。）